Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγράμματος Κεντρικής Μακεδονίας, λαμβάνοντας υπόψη τις αυξημένες απαιτήσεις της Διαχείρισης, Παρακολούθησης και Ελέγχου των παρεμβάσεων των Ευρωπαϊκών Διαρθρωτικών Ταμείων στην Ελλάδα και στοχεύοντας στη βελτίωση και το λειτουργικό εκσυγχρονισμό της, προχώρησε στην ανάπτυξη, εγκατάσταση και εφαρμογή ενός Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας σύμφωνα με τις απαιτήσεις του Διεθνούς Προτύπου ΕΝ ISO 9001:2000, από τις 2 Ιανουαρίου 2007.
Το Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας της Ε.Υ.Δ. επιθεωρήθηκε επιτυχώς στις 19 Οκτωβρίου 2007 από το Φορέα Πιστοποίησης TUV HELLAS (TUV NORD) Α.Ε. και πιστοποιήθηκε στο πεδίο εφαρμογής:
«Εφαρμογή και διαχείριση του Επιχειρησιακού Προγράμματος Κεντρικής Μακεδονίας»
Επισημαίνεται ότι η έκθεση της επιθεώρησης δεν περιείχε καμιά παρατήρηση και ιδιαίτερα θετικές ήταν οι κρίσεις των επιθεωρητών για το επίπεδο της οργάνωσης και λειτουργίας της Ε.Υ.Δ. και για την ποιότητα και πληρότητα της τεκμηρίωσης του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας.
Στόχοι της Ε.Υ.Δ. του ΠΕΠ Κεντρικής Μακεδονίας, στο πλαίσιο της εφαρμογής του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας, είναι η συνεχής βελτίωση της αποτελεσματικότητας και της ποιότητας των παρεχόμενων υπηρεσιών της, ώστε να ικανοποιούνται οι απαιτήσεις του σχετικού θεσμικού και κανονιστικού πλαισίου, καθώς και των Τελικών Δικαιούχων και συνεργαζόμενων φορέων.