Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης ΠΕΠ Κεντρικής Μακεδονίας, στο πλαίσιο της προσπάθειας για διαρκή βελτίωση και διασφάλιση της αποτελεσματικότητας και κανονικότητας των υπηρεσιών της, έχει εγκαταστήσει και λειτουργεί, Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας κατά το Διεθνές Πρότυπο ISO 9001:2000.
Το Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας επιθεωρήθηκε επιτυχώς στις 19 Οκτωβρίου 2007 από το Φορέα Πιστοποίησης TUV HELLAS (TUV NORD) ΑΕ, στο πεδίο πιστοποίησης: «Εφαρμογή και διαχείριση του Επιχειρησιακού Προγράμματος Κεντρικής Μακεδονίας».
Όπως δήλωσε ο Γενικός Γραμματέας της Περιφέρειας Κεντρικής Μακεδονίας, καθηγητής, Γιώργος Τσιότρας, «στόχος της διοίκησης της Περιφέρειας είναι να διασφαλίσει το υψηλότερο δυνατό επίπεδο λειτουργίας όλων των διευθύνσεών της. Με αυτόν τον τρόπο μπορούμε να προσφέρουμε καλύτερες υπηρεσίες προς τους πολίτες, να αποφεύγουμε την ταλαιπωρία τους στις συναλλαγές τους με την Περιφέρεια και να επενδύουμε στην ποιότητα. Η πιστοποίηση της ποιότητας των υπηρεσιών του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Κεντρικής Μακεδονίας είναι απόδειξη ότι κατορθώνουμε επιτυχώς να υλοποιούμε ένα πρόγραμμα με απόλυτη επίγνωση της ευθύνης που αναλαμβάνουμε απέναντι στους πολίτες και την ανάπτυξη που απαιτεί ο τόπος μας. Προτεραιότητα της Ειδικής Υπηρεσίας Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγράμματος Κεντρικής Μακεδονίας είναι η προσφορά υπηρεσιών υψηλής ποιότητας, ώστε να ανταποκρίνεται με επιτυχία στις απαιτήσεις του σχετικού θεσμικού και κανονιστικού πλαισίου και των τελικών δικαιούχων και συνεργαζόμενων φορέων, με στόχο την ενίσχυση της ανάπτυξης στην περιοχή εφαρμογής του Προγράμματος, την Κεντρική Μακεδονία».