Για να επιτευχθούν οι στόχοι βελτίωσης της ανταγωνιστικότητας των περιφερειών θα πρέπει να προωθηθούν στις περιφέρειες κατάλληλες συνθήκες υποδομών. Ένα σημαντικό κεφάλαιο αποτελούν οι υποδομές μεταφορών. Αποτελεσματικά δίκτυα και συστήματα μεταφορών καλούνται να διαδραματίσουν ένα συστατικό ρόλο στη στήριξη της οικονομικής ανάπτυξης. Οι επενδύσεις για τις βελτιώσεις των μεταφορών θα πρέπει να αποσκοπούν στη μείωση των μεταφορικών εξόδων, στη μείωση της συμφόρησης και στη μείωση του χρόνου ταξιδιού όπως επίσης και στην αύξηση της χωρητικότητας των δικτύων, στη βελτιστοποίηση της απόδοσης και στη μεγιστοποίηση της ποιότητας των υπηρεσιών, συμπεριλαμβανομένης της ασφάλειας. Οι προτεραιότητες στις επενδύσεις για τις μεταφορές θα πρέπει επίσης να συμβάλουν στην αποδοτικότητα, στην προσπελασιμότητα και τη βιωσιμότητά τους.
Ειδική μνεία γίνεται για τη σημασία της Θεσσαλονίκης ως βασικής θαλάσσιας πύλης των Βαλκανίων, κυρίως λόγω της γεωγραφικής της θέσης και της τρέχουσας γεωπολιτικής κατάστασης. Έντονη ανάπτυξη τα τελευταία χρόνια παρουσιάζουν οι διεθνείς θαλάσσιες μεταφορές, καθώς επίσης και το εμπόριο. Από το λιμάνι της Θεσσαλονίκης το 1994 διακινήθηκαν 1.113.000 επιβάτες και εκφορτώθηκαν 11.735 τόνοι εμπορευμάτων.
Η υλοποίηση μίας σειράς συμφωνημένων έργων μεταφορικής υποδομής, θα συγκροτήσει περί τη Θεσσαλονίκη έναν «αστερία δικτύων», που θα επιτύχει την οριστική διαμόρφωση της σε κέντρο και κύρια «πύλη» του βαλκανικού γεω-οικονομικού χώρου. Στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης ήδη έχουν εκτελεστεί σημαντικά έργα στα πλαίσια του Α΄και Β΄ ΚΠΣ και υπάρχει ανάγκη ολοκλήρωσής τους.